农作物秸秆、畜禽粪便等农业生物质资源化利用关系到当前农业的高质量发展和农业生产的污染减少。本文综述了国内外农业秸秆和畜禽粪便资源化利用的现状。国外以沼气工程为主线，利用厌氧发酵技术实现沼气发电和资源循环利用双赢。在我国，农业生物质厌氧发酵主要以单一原料为主，存在沼气生产性能差、沼渣和沼液消耗环境风险高、资源深度利用不足等工程应用问题，秸秆-畜禽粪便混合厌氧发酵技术优势明显。我们建议优化混合厌氧发酵的工艺参数，注意发酵原料和配比、温度、pH、接种物和预处理对厌氧发酵的影响，注意重金属和抗生素对发酵的抑制和整个过程的减少。建议从绿色秸秆预处理方法的开发、发酵参数的优化、全过程降低重金属和抗生素对发酵的抑制作用等方面，促进基于资源利用的农业生物质厌氧发酵技术的研究和工程应用，沼气工程秸秆肥料施用方案和设备的开发，以及沼渣和沼液的资源化利用，以重建种植业和养殖业的生物量链，并破解秸秆。粪便污染过度的问题有助于“乡村振兴”战略的实施。