欧地笋叶绿体全基因组序列特征及其系统发育分析
研究欧地笋Lycopuseuropaeus Linn叶绿体基因组的结构特征,并比较与欧地笋具有相似药理和临床作用的唇形科物种的系统发育关系。欧地笋的整个基因组由Illumina Hiseq 4000测序平台测序,整个叶绿体基因组由NOVOplasty组装。然后,叶绿体基因组被CPG-AVAS2软件注释和描述。以瑞香狼毒(Stellera chamaejasme)和委陵菜(Potentilla、chinensis)为外群,构建系统发育树,分析唇形科和欧地笋具有相似功效的物种之间的系统发育关系。结果表明,欧地笋叶绿体基因组的总长度为152085bp,注释了132个基因,包括88个蛋白质编码基因、8个rRNA基因基因和36个tRNA基因,包括8个蛋白质编码基因(ndhB、rps7、rps12、rps19、rpl2、rpl23、ycf2、ycf15)7个tRNA编码基因(trnMCAU、trnLCAA、trnnGUU、trne UUC、trnv)GAC、trnAUGC、trnrACG)和4个rRNA编码基因(rrn16S、rrn23s、rrn4.5s、rrn5S)位于IR区。其中,13个蛋白质编码基因[rps16、rps19(2)、ATPF、rpoC1、rpl2(2)、petb、petD、rpl16、ndhB(2)、ndhA]各包含一个内含子(intron),2个蛋白质编码基因(ycf3、clpP)各包含两个内含子,8个tRNA编码基因中的每一个都包含一个内含子。共检测到34个SSR序列,其中91.18%是A/T和at/at重复单位,表明SSR更喜欢使用A和T碱基。系统发育分析表明,欧地笋与硬毛地笋和青兰属的四个物种、夏洛克·活血丹、两个薄荷和夏枯草的亲缘关系最为密切。因此,获得并分析了欧地笋完整叶绿体基因组的序列特征,阐明了欧地笋与唇形科物种之间的系统发育关系。