米曲霉是豆瓣酱发酵中的常见菌株，蛋白酶活性是评价曲形成的重要指标。蛋白酶可以将豆瓣原料中的蛋白质降解转化为寡肽和氨基酸肽，为豆瓣酱风味提供重要的前体，因此提高米曲霉的蛋白酶活性尤为重要。米曲霉BL18是一种具有高蛋白酶活性的米曲霉菌株。将其应用于豆瓣酱的发酵过程，并与米曲霉3.042进行了比较。与此同时，通过基因组测序探索了这种差异背后的遗传基础。与米曲霉的3.042相比，米曲霉BL18成曲在／g干曲的孢子数达到4.19108，酸性、中性和碱性蛋白酶的活力分别增加了52%、7.6%和45.6%。米曲霉BL18蛋白酶在早期发酵阶段具有优势，可使豆瓣酱新鲜氨基酸和甜氨基酸的总量分别增加33.3%和10.8%。基因注释结果表明，米曲霉BL18具有较强的能量合成、蛋白质合成和次生代谢产物合成能力。同时，与3.042相比，在米曲霉BL18发现了647个独特的基因。米曲霉BL18在制曲和发酵方面的优势，以及大量功能基因的注释，为其在豆瓣酱发酵中的应用提供了强有力的理论基础。