基于流式细胞术和基因组Survey测定牛膝基因组大小

作者:刘亚洲; 贾海凤; 刘叶; 曾春丽; 吴林坤; 方长旬; 林文雄
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牛膝是一种中药,主要用于强身健骨、肝肾。牛膝的主要产地是河南焦作,具有很高的药用价值和经济价值。牛膝还具有连作抗性,这可能与基因组中的基因簇合成特定代谢分泌物有关。分析牛膝的基因组大小和特征,可以为牛膝全基因组测序和基因簇的分析提供参考依据。该研究使用流式细胞术和第二代高通量技术进行全基因组Survey分析。流式细胞术估计牛膝的基因组大小约为1.23GB。根据高通量测序的数据,获得了76.26个Gb基因组数据,总测序深度约为59.46。k-mer分析结果估计牛膝基因组大小约为1.22,重复序列比例为54.70%,杂合度为0.12%,GC含量为35%。通过在MaSuRCA的初步基因组组装,获得了964.81Mb的基因组大小。获取牛膝基因组大小等信息。研究结果为后续牛膝全基因组精细图谱的绘制、牛膝种质资源的开发和鉴定以及性状定位提供了一定的理论依据。