近年来，以海豚为代表的长江水生生物多样性不断丧失，这对人类的生存和发展构成了重大风险。长江水生生物多样性恶化的制度原因是现有的水生生物多样性恢复立法没有突出的生态安全理念，生物多样性立法体系水平不高，生物多样性立法的完整性不强，多元治理不顺畅。为了摆脱现存的困境，我们应该从价值观的角度确立生态安全观、生态系统方法观和无中心主义观的价值取向。从立法路径上看，应当明确立法层次，明确立法理念。从立法内容上看，要协调生态要素，规划综合立法。从立法实施的角度，探索合规机制，实现多元共治，为长江水生生物多样性的恢复提供法律保障和制度基础。