为了应对环境变化和水资源演变带来的诸多挑战，基于水文基因系统，揭示并直观展示了西南诸河地表水资源的遗传和变异规律。水文基因是反映水文序列遗传和变异特征的时刻。在相关系数测量的基础上，构建了具有识别、检测和分类功能的水文基因检测系统，该方法用于提取西南诸河六个二级水资源区（包括跳跃、局部趋势和整体趋势、循环、依赖和纯随机）地表水资源各矩序列的水文基因成分。提出了水文基因图谱的概念和绘制方法，并将其用于显示研究区的水文基因信息。结果表明，西南诸河各次区域地表水资源的一阶矩序列具有不同形式的水文基因变异成分，主要表现为跳跃、局部趋势、周期和依赖性。在二阶矩序列中，怒江和伊洛瓦底江二级区的序列仅包含水文基因遗传成分，与一阶矩序列和二阶矩序列相比，三阶矩序列的水文基因组成相对简单，变异成分对序列的影响相对较弱。属性分析表明，地表水资源的第一时刻主要受降水的影响。