生物信息学筛选和分析非酒精性脂肪性肝病特征差异表达关键基因
作者:丁洁霞;黄文豹;蒋小仙;张丽旦;方洪;金洁;
更新时间:
目的用生物信息学法筛选和分析非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)中差异表达的关键基因。方法从GEO数据库下载与NAFLD相关的GSE89632表达矩阵。Limma包装用于筛选健康样本、脂肪变性(SS)样本和非酒精性脂肪性肝炎(NASH)样本、差异表达基因(DEGs)。WGCNA分析了输出模块的基因。利用模块基因和差异基因的交叉点确定特征差异基因,然后进行GO函数和KEGG信号通路富集分析。利用在线网站STRING和Cytoscape软件构建了蛋白质相互作用网络(PPI),并筛选了关键(Hub)基因。最后,R软件被用于分析Hub基因的受试者运行特征曲线(ROC)。结果共获得92个特征,主要集中在脂多糖反应与细菌起源分子反应的炎症反应相关功能,以及癌症中蛋白聚糖和T细胞白血病病毒感染相关肿瘤信号通路。10个Hub基因(FOS、CXCL8、SERPINE1、CYR61、thbs1、FOSL1、CCL2、MYC、SOCS3和ATF3)具有良好的诊断价值。结论通过生物信息学分析获得的10个NAFLD疾病相关特征中Hub基因的差异表达可能成为NAFLD的诊断和潜在治疗目标,需要进一步的基础和临床研究来验证。