卡波氏肉瘤组织中差异表达miRNA靶基因预测及生物信息学分析
卡波氏肉瘤(sarcoma位于Kaposi,KS)是全球第二大最易感染人类免疫缺陷病毒的肿瘤。本研究的目的是确定KS差异表达的关键微RNA(microRNA、miRNA)及其靶基因和相关途径,为深入理解该疾病的分子机制提供理论基础。在本研究中,通过测序获得了KS组织和邻近组织中的差异表达。利用star-Base数据库预测miRNA差异表达的靶基因。同时,使用基因本体论(Gene Ontology、GO)数据库、京都基因和百科全书基因组(Kyoto、基因和基因组的飞地、KEGG)反应途径富集和转录因子注释分析miRNA的目标基因。最后,实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,QRT PCR)被用来验证三个下调最明显的miRNA。结果显示,miRNA有39个和67个差异。GO和KEGG富集的分析表明,miRNA和靶基因之间上调的差异主要集中在组蛋白修饰、核染色质、DNA——结合转录激活物活性和其他生物功能,主要通过尿激酶长期以来,程增效和其他途径参与了KS的疾病过程。miRNA的下调差异主要与组蛋白修饰、细胞前沿和蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶的活性有关,并主要通过信号通路参与KS的疾病过程,如Simaqian和Hippo。Reactome富集表明,miRNA的差异主要集中在受体酪氨酸激酶、信号转导疾病和PI3K-Akt等信号通路上。转录因子注释结果表明,肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、叉头盒蛋白O1(FoxO1)和叉头盒蛋白O3(FOXO3)等转录因子可能与KS的发生发展密切相关。QRT PCR结果显示,测序下调最明显的三种基因在KSHV感染细胞中显著下调。综上所述,本研究筛选了KS组织中差异表达的miRNA,分析了一系列靶基因,初步发现miR-651-3p、miR-223-3p和miR-186-5p可能通过Hippo、FoxO和PI3K-AKT信号通路在KS的疾病过程中发挥重要作用。这些研究为探讨KS和靶向干预的发病机制提供了强有力的理论基础。