微生物工程菌株是生物制造的重要基础，但大多数工程菌株需要进化转化才能适合生物制造。在菌种选育过程中，如何利用目标性状高效筛选微生物工程菌株是生物制造应用的关键因素之一。液滴微流控技术是近年来发展起来的一种基于微芯片的高通量检测和筛选技术，可以产生均匀、独立的微体渗出液滴室，用于单个细胞的培养、检测和分离。它已被广泛用于微生物菌株，尤其是分泌菌株的转化。本文首先概述了液滴微流控技术的组成部分，并简要介绍了其中的关键技术。其次，根据液滴检测信号的来源、液滴筛选过程的难度和液滴分选仪的应用范围，总结分析了液滴微流控技术在工程菌厂选择中的应用。最后，展望了液滴微流控技术在应用中存在的问题和研究方向，为其在微生物合成生物学中的深入应用提供指导。