基于消除环境因素和随机噪声影响的三阶段DEA模型，计算2017年教育部旗下63所直属高校的科研投入产出效率，为高校高质量科研内涵发展提供决策参考。结果表明，调整后，所属高校科研投入产出效率总体略高于传统计量效率。制约高校科研效率的主要原因已经从单纯的技术效率转变为单纯的技术效率和规模效率的综合效应。大多数效率低下的学院和大学都处于规模收益递增的状态。政府资助占比与科研投入冗余存在显著相关，财政拨款比例过高容易造成科技人力和资金的浪费。高校需要优化科研资源配置结构，加强资金控制和管理，完善科研人才激励机制。