系统生物学与中医多目标、整体观的思维有相似之处，与中医理论指导下的用药规律也有相似之处。在对国内外中医药领域中系统生物学方法联合应用研究的基础上，首先介绍了不同单一系统生物学方法的特点。其中，转录组学是一种从整体水平研究基因转录状况和细胞转录调控规律的方法。蛋白质组学不仅是蛋白质组学生物体变化的直接观察地，也是问题的直接解决地，代谢组学是一种定量分析生物体内所有小分子代谢物并找到与生命活动和病理变化相对应的代谢物的研究方法。总结了转录组学、蛋白质组学和代谢组学方法在中药研究中的应用及存在的问题。其次，基于最新多组学的联合分析技术具有完整性和高通量的特点，结合具有代表性的研究成果，探讨了多组学联合分析技术在中医药应用中的共同研究思路和方法。最后，提出了系统组学存在的问题和发展应用前景。研究表明，随着大数据时代的到来，通过系统组学技术和中医药的应用和分析，可以系统地探索中医药的发病机理和干预机制，为中医药现代化提供广阔的空间。