在“双碳”目标的背景下，现有碳交易与绿色证书交易机制的互动可以更好地体现新能源的低碳属性，有助于完善综合能源系统清洁替代的实现机制。构建了绿色证书碳排放当量互动机制，提出了区域综合能源系统的绿色调度方法，实现了碳交易与绿色证书交易的联动。首先，研究了碳交易和绿色证书交易的工作原理，介绍了历史新能源配额的完成程度和产量预测的准确性，作为新能源配额分配和绿色证书获取的基础之一。然后，研究了绿色证书的碳减排机制，提出了通过绿色证书将碳交易与绿色证书交易联系起来的绿色证书碳排放当量互动机制。最后，以最小系统为目标，构建了考虑碳交易与绿色证书交易相互作用的区域综合能源系统优化模型。实例结果表明，该方法可以提高系统的绿色电力比例和经济性，进一步体现新能源的环保价值。